تُستخدم خطوط معالجة التخمير الحيوي لإنتاج المنتجات التي تعتمد على نمو الكائنات الحية الدقيقة أو قدرتها على إنتاج مركبات محددة. ويكمن التحدي الرئيسي في الحفاظ على استقرار ظروف التخمير ومنع التلوث غير المرغوب فيه. وتعتمد خطوط معالجة التخمير الحيوي لدينا على أنظمة التنظيف في الموقع (CIP) والتعقيم في الموقع (SIP) لتنظيف وتعقيم أقسام المعالجة المغلقة قبل بدء الإنتاج. كما تراقب أنظمة التحكم المنطقية القابلة للبرمجة (PLC) ظروف التشغيل أثناء التخمير، مثل درجة الحرارة ودرجة الحموضة (pH) ومستوى الأكسجين. ونظرًا لأن الكائنات الحية الدقيقة قد تستجيب بسرعة لأي تغيرات في هذه الظروف، فإن الحفاظ عليها ضمن النطاقات المطلوبة يُعد أمرًا ضروريًا لضمان استقرار عملية التخمير.

وعند وصول عملية التخمير إلى المرحلة النهائية المطلوبة، يمكن تبريد المنتج المخمر أو تعقيمه فورًا لإيقاف استمرار نمو الكائنات الحية الدقيقة. وبعد ذلك، يمكن نقل المنتج إلى مرحلة الخلط أو التعبئة دون السماح باستمرار عملية التخمير لفترة أطول من المحددة.